Revista Bioreview Edición 107 - Julio 2020

BIODIAGNOSTICO

 

INFECCIONES RESPIRATORIAS EN ÉPOCAS DE PANDEMIA ¿TODO ES COVID-19?

Javier Farina

Director del comité de infectología crítica de la SATI (Sociedad Argentina de Terapia Intensiva).

Médico Infectólogo 

MN 132500

 

Con la llegada de las temperaturas invernales al hemisferio sur es esperable el incremento en las infecciones respiratorias, principalmente las de etiología viral. Pero este año la situación inicia en el contexto de una pandemia por un nuevo virus respiratorio con gran capacidad de contagio como lo es el SARS-Cov-2. El primer caso de COVID-19 en Argentina fue el 3 de marzo y, luego, a más de 3 meses del brote se han superado los 30000 infectados y los 800 fallecidos en nuestro país. Durante el primer mes de desarrollo del mismo el algoritmo diagnóstico de laboratorio incluía en primer lugar la detección de Influenza y una vez descartado se continuaba con el estudio del nuevo coronavirus por PCR. En abril, dada la situación epidemiológica, el protocolo sufrió nuevos cambios: en todo paciente que cumpliera criterios clínicos de caso sospechoso de COVID-19 se estudiaría primeramente SARS-Cov-2 y, de ser positivo, no se requiere (requeriría) evaluar otras etiologías. Entonces, ¿nos estamos perdiendo de identificar coinfecciones? ¿Hay realmente coinfecciones? ¿Nos modifica la terapéutica?

En Argentina en la semana epidemiológica 20 de 2019 se notificaron 255.539 casos de enfermedad tipo Influenza (ETI), mientras que en la misma semana de 2020 fueron 129.397 (disminución del 49.9%). ¿Efecto de las medidas de prevención aplicadas a COVID-19? Puede ser…… sin embargo, ¿esto alcanza para explicar semejante diferencia? No parece razonable. Es altamente probable que nos enfrentemos a una menor búsqueda de otras etiologías en contexto de la pandemia. ¿Qué ocurre con la notificación de casos sospechosos de COVID-19 descartados? ¿Los que cumplen criterio se reclasifican como ETI? ¿Se buscan otras etiologías? Estimo que, en pocos, o en casi ninguno de los casos.

Otro indicador que acompaña a esta idea es la caída en la notificación de casos durante el 2020 y luego de la semana epidemiológica 11 (coincidente con el cambio en el algoritmo diagnóstico); de más de 11.000 notificaciones en la semana 11 a menos de 5.000 en la 13 y cerca de 1.000 casos de ETI en la semana 20.

Una variación similar se observa en neumonías, con un descenso del 55% en la semana 20 entre 2019 y 2020; y mucho más marcado en bronquiolitis mostrando una disminución del 72% entre ambos años (64.213 casos notificados en la semana 20 de 2019 y 17.755 en 2020).

Respecto a los diferentes virus estudiados a la semana 18, se procesaron sólo 7.098 muestras (un 30% menos que en 2019 que fueron 10.302) de las cuales 700 fueron positivas (126 para Influenza y 50 para Virus Sincicial Respiratorio) comparadas con 2.096 a la misma semana de 2019.

A nivel internacional, en una larga serie de casos de COVID-19 en Nueva York se realizó el panel viral a menos del 40% de los casos, encontrando otras etiologías en 2.1% del total. Otro estudio en China evaluó 186 casos sospechosos de COVID-19, de los cuales 86 fueron positivos sólo para SARS-Cov-2 y 6 (3%) presentaron coinfecciones con otros virus respiratorios; pero lo interesante fue que con PCR multiplex se identificaron 18 muestras positivas (10%) para otros virus. Otro estudio llamativo (por los altos porcentajes de coinfección) en China evaluó con PCR multiplex a 257 muestras de casos COVID-19+ en la búsqueda de 39 patógenos respiratorios. Se encontró que el 94% tenían hallazgos microbiológicos de coinfección con otras 24 entidades identificadas (las principales: Streptococcus pneumoniae, Klebsiella pneumoniae y Haemophylus influenzae).

En una de las series más grandes que incluyó 8274 muestras microbiológicas es importante destacar que el 5.8% de los pacientes infectados con SARS-Cov-2 presentaron coinfección con otros virus respiratorios (otros coronavirus, Influenza A o Rhinovirus) y en el 18.4% de los pacientes no infectados con SARS-Cov-2 se identificó otro patógeno (Influenza A, Influenza A H3N2, Rhinovirus, Virus Sincicial Respiratorio (VSR), Influenza B, metapneumovirus y otros coronavirus). En otra serie se estudiaron 1217 muestras para SARS-CoV-2 y otros patógenos respiratorios, 116 muestras (9,5%) fueron positivas para SARS-CoV-2 y 318 (26.1%) fueron positivos para 1 o más patógenos no-SARS-CoV-2. De las 116 positivas para SARS-CoV-2, 24 (20.7%) lo fueron también para 1 o más patógenos adicionales, en comparación con 294 de las 1101 muestras (26.7%) negativas para SARS-CoV-2. Las coinfecciones frecuentes fueron rinovirus / enterovirus (6,9%), VSR (5.2%) y Coronaviridae no-SARS-CoV-2 (4,3%).  

Una serie de Singapur mostró que una quinta parte (19.3%, 736/3807) de pacientes hospitalizados con síntomas respiratorios tuvo PCR positiva para algún virus respiratorio; de los cuales 58.5% (431/736) dieron positivo para SARS-CoV-2 y 42.2% (311/736) para otros virus. La tasa de confección con SARS-CoV-2 fue del 1,4% (6/431).

El mayor estudio sobre coinfecciones es un meta-análisis publicado a fines de mayo en el que se incluyeron 30 estudios (3834 pacientes) que evaluaron coinfecciones en COVID-19. Un 7% de los pacientes internados presentan coinfecciones bacterianas, y este porcentaje asciende a 14% en los internados en UTI. Un 3% evidenció infecciones virales, siendo los más comunes VSR e Influenza.

Seguramente las medidas de prevención efectuadas durante la pandemia han generado una disminución en la incidencia de virus respiratorios en esta época del año; aunque no pueden explicar por sí solas los cambios ocurridos respecto a los años previos.

El conocimiento etiológico de los cuadros respiratorios mejora su abordaje y los procedimientos de aislamiento, disminuye los días de internación, el uso de equipos de protección personal e insumos de alto costo en época de pandemia, alineándose con el uso adecuado de antimicrobianos y el cuidado del recurso humano, eslabón fundamental en este difícil contexto. Las herramientas actuales de identificación microbiológica permiten este enfoque y han demostrado ser costo efectivas en múltiples situaciones, incluyendo la pandemia de COVID-19.

En los casos sospechosos de SARS-CoV-2, el testeo simultáneo o escalonado de los distintos agentes patógenos de cuadros respiratorios debería ser la estrategia adoptada a fin de optimizar la evolución clínica de los pacientes, las medidas de prevención, el control de infecciones y el uso adecuado de recursos.

 La historia del COVID-19 la estamos escribiendo y es imprescindible estar atentos al comportamiento del virus y sus interacciones. 

Referencias Bibliográficas

1 - Boletín Epidemiológico – Ministerio de Salud Argentina - https://www.argentina.gob.ar/salud/epidemiologia/boletines2020 - Consultado 16/06/2020

2 - Richardson, S., Hirsch, J. S., Narasimhan, M., Crawford, J. M., McGinn, T., Davidson, K. W., Barnaby, D. P., Becker, L. B., Chelico, J. D., Cohen, S. L., Cookingham, J., Coppa, K., Diefenbach, M. A., Dominello, A. J., Duer-Hefele, J., Falzon, L., Gitlin, J., Hajizadeh, N., Harvin, T. G., … Zanos, T. P. (2020). Presenting Characteristics, Comorbidities, and Outcomes among 5700 Patients Hospitalized with COVID-19 in the New York City Area. JAMA - Journal of the American Medical Association, 323(20), 2052–2059. https://doi.org/10.1001/jama.2020.6775

3 - Lin, D., Liu, L., Zhang, M., Hu, Y., Yang, Q., Guo, J., Guo, Y., Dai, Y., Xu, Y., Cai, Y., Chen, X., Zhang, Z., & Huang, K. (2020). Co-infections of SARS-CoV-2 with multiple common respiratory pathogens in infected patients. Science China Life Sciences, 63(4), 606–609. https://doi.org/10.1007/s11427-020-1668-5

4 - Almaghlouth, N., & Antony, S. J. (n.d.). Are co-infections with COVID-19 and Influenza low or underreported? An observational study examining current published literature including three new unpublished cases. 0–1. https://doi.org/10.1002/jmv.26167

5 - Zhu, X., Ge, Y., Wu, T., Zhao, K., Chen, Y., Wu, B., Zhu, F., Zhu, B., & Cui, L. (2020). Co-infection with respiratory pathogens among COVID-2019 cases. January.

6 - Wang M. et al.  Clinical diagnosis of 8274 samples with 2019-novel coronavirus in Wuhan https://doi.org/10.1101/2020.02.12.20022327Ding, Q.,

7 - Lu, P., Fan, Y., Xia, Y., & Liu, M. (2020). The clinical characteristics of pneumonia patients coinfected with 2019 novel coronavirus and influenza virus in Wuhan, China. Journal of Medical Virology, March, 1–7. https://doi.org/10.1002/jmv.25781

8 - Kim, D. et al. Rates of Co-infection Between SARS-CoV-2 and Other Respiratory Pathogens. April 15, 2020. 10.1001/jama.2020.6266

9 - Blasco, M. et al. Co-detection of respiratory pathogens in patients hospitalized with Coronavirus viral disease-2019 pneumonia. 10.1002/jmv.25922.

10 - Sánchez Duque, J. A., Orozco Hernández, J. P., Marín Medina, D. S., Cvetkovic Vega, A., Aveiro Róbalo, T. R., Mondragon Cardona, A., Failoc Rojas, V. E., Gutiérrez Ocampo, E., Villamizar Peña, R., Henao Martínez, J. F., Arteaga Livias, K., & Rodríguez Morales, A. J. (2020). Are we now observin an increasing number of coinfections between SARS CoV 2 and other respiratory pathogens? Journal of Medical Virology, 0–1. https://doi.org/10.1002/jmv.26089

11 - En, L., Ki, K., Ko, K., Qi, W., Teck, G., & Kwek, C. (2020). Community-acquired viral respiratory infections amongst hospitalized inpatients during a COVID-19 outbreak in Singapore: co-infection and clinical outcomes. January.2020

12 - Lansbury L et al . Co-infections in people with COVID-19: a systematic review and meta-analysis – Journal of Infection 2020

Con la llegada de las temperaturas invernales al hemisferio sur es esperable el incremento en las infecciones respiratorias, principalmente las de etiología viral. Pero este año la situación inicia en el contexto de una pandemia por un nuevo virus respiratorio con gran capacidad de contagio como lo es el SARS-Cov-2. El primer caso de COVID-19 en Argentina fue el 3 de marzo y, luego, a más de 3 meses del brote se han superado los 30000 infectados y los 800 fallecidos en nuestro país. Durante el primer mes de desarrollo del mismo el algoritmo diagnóstico de laboratorio incluía en primer lugar la detección de Influenza y una vez descartado se continuaba con el estudio del nuevo coronavirus por PCR. En abril, dada la situación epidemiológica, el protocolo sufrió nuevos cambios: en todo paciente que cumpliera criterios clínicos de caso sospechoso de COVID-19 se estudiaría primeramente SARS-Cov-2 y, de ser positivo, no se requiere (requeriría) evaluar otras etiologías. Entonces, ¿nos estamos perdiendo de identificar coinfecciones? ¿Hay realmente coinfecciones? ¿Nos modifica la terapéutica?

En Argentina en la semana epidemiológica 20 de 2019 se notificaron 255.539 casos de enfermedad tipo Influenza (ETI), mientras que en la misma semana de 2020 fueron 129.397 (disminución del 49.9%). ¿Efecto de las medidas de prevención aplicadas a COVID-19? Puede ser…… sin embargo, ¿esto alcanza para explicar semejante diferencia? No parece razonable. Es altamente probable que nos enfrentemos a una menor búsqueda de otras etiologías en contexto de la pandemia. ¿Qué ocurre con la notificación de casos sospechosos de COVID-19 descartados? ¿Los que cumplen criterio se reclasifican como ETI? ¿Se buscan otras etiologías? Estimo que, en pocos, o en casi ninguno de los casos.

Otro indicador que acompaña a esta idea es la caída en la notificación de casos durante el 2020 y luego de la semana epidemiológica 11 (coincidente con el cambio en el algoritmo diagnóstico); de más de 11.000 notificaciones en la semana 11 a menos de 5.000 en la 13 y cerca de 1.000 casos de ETI en la semana 20.

Una variación similar se observa en neumonías, con un descenso del 55% en la semana 20 entre 2019 y 2020; y mucho más marcado en bronquiolitis mostrando una disminución del 72% entre ambos años (64.213 casos notificados en la semana 20 de 2019 y 17.755 en 2020).

Respecto a los diferentes virus estudiados a la semana 18, se procesaron sólo 7.098 muestras (un 30% menos que en 2019 que fueron 10.302) de las cuales 700 fueron positivas (126 para Influenza y 50 para Virus Sincicial Respiratorio) comparadas con 2.096 a la misma semana de 2019.

A nivel internacional, en una larga serie de casos de COVID-19 en Nueva York se realizó el panel viral a menos del 40% de los casos, encontrando otras etiologías en 2.1% del total. Otro estudio en China evaluó 186 casos sospechosos de COVID-19, de los cuales 86 fueron positivos sólo para SARS-Cov-2 y 6 (3%) presentaron coinfecciones con otros virus respiratorios; pero lo interesante fue que con PCR multiplex se identificaron 18 muestras positivas (10%) para otros virus. Otro estudio llamativo (por los altos porcentajes de coinfección) en China evaluó con PCR multiplex a 257 muestras de casos COVID-19+ en la búsqueda de 39 patógenos respiratorios. Se encontró que el 94% tenían hallazgos microbiológicos de coinfección con otras 24 entidades identificadas (las principales: Streptococcus pneumoniae, Klebsiella pneumoniae y Haemophylus influenzae).

En una de las series más grandes que incluyó 8274 muestras microbiológicas es importante destacar que el 5.8% de los pacientes infectados con SARS-Cov-2 presentaron coinfección con otros virus respiratorios (otros coronavirus, Influenza A o Rhinovirus) y en el 18.4% de los pacientes no infectados con SARS-Cov-2 se identificó otro patógeno (Influenza A, Influenza A H3N2, Rhinovirus, Virus Sincicial Respiratorio (VSR), Influenza B, metapneumovirus y otros coronavirus). En otra serie se estudiaron 1217 muestras para SARS-CoV-2 y otros patógenos respiratorios, 116 muestras (9,5%) fueron positivas para SARS-CoV-2 y 318 (26.1%) fueron positivos para 1 o más patógenos no-SARS-CoV-2. De las 116 positivas para SARS-CoV-2, 24 (20.7%) lo fueron también para 1 o más patógenos adicionales, en comparación con 294 de las 1101 muestras (26.7%) negativas para SARS-CoV-2. Las coinfecciones frecuentes fueron rinovirus / enterovirus (6,9%), VSR (5.2%) y Coronaviridae no-SARS-CoV-2 (4,3%).  

Una serie de Singapur mostró que una quinta parte (19.3%, 736/3807) de pacientes hospitalizados con síntomas respiratorios tuvo PCR positiva para algún virus respiratorio; de los cuales 58.5% (431/736) dieron positivo para SARS-CoV-2 y 42.2% (311/736) para otros virus. La tasa de confección con SARS-CoV-2 fue del 1,4% (6/431).

El mayor estudio sobre coinfecciones es un meta-análisis publicado a fines de mayo en el que se incluyeron 30 estudios (3834 pacientes) que evaluaron coinfecciones en COVID-19. Un 7% de los pacientes internados presentan coinfecciones bacterianas, y este porcentaje asciende a 14% en los internados en UTI. Un 3% evidenció infecciones virales, siendo los más comunes VSR e Influenza.

Seguramente las medidas de prevención efectuadas durante la pandemia han generado una disminución en la incidencia de virus respiratorios en esta época del año; aunque no pueden explicar por sí solas los cambios ocurridos respecto a los años previos.

El conocimiento etiológico de los cuadros respiratorios mejora su abordaje y los procedimientos de aislamiento, disminuye los días de internación, el uso de equipos de protección personal e insumos de alto costo en época de pandemia, alineándose con el uso adecuado de antimicrobianos y el cuidado del recurso humano, eslabón fundamental en este difícil contexto. Las herramientas actuales de identificación microbiológica permiten este enfoque y han demostrado ser costo efectivas en múltiples situaciones, incluyendo la pandemia de COVID-19.

En los casos sospechosos de SARS-CoV-2, el testeo simultáneo o escalonado de los distintos agentes patógenos de cuadros respiratorios debería ser la estrategia adoptada a fin de optimizar la evolución clínica de los pacientes, las medidas de prevención, el control de infecciones y el uso adecuado de recursos.

 La historia del COVID-19 la estamos escribiendo y es imprescindible estar atentos al comportamiento del virus y sus interacciones. 

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