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El análisis de alteraciones genómicas por métodos moleculares como RT-PCR o NGS (secuenciación de próxima generación) que permiten la detección simultánea de mutaciones, deleciones e inserciones en múltiples genes y diversos tipos de muestras se ha incorporado progresivamente en los últimos años a los laboratorios de patología. Cada técnica presenta ventajas y desventajas en su desempeño, además de distintos niveles de complejidad1 .
El desarrollo de pruebas de NGS, disponibles comercialmente desde 2006, permitió el acceso a la secuenciación del ADN tumoral de forma eficaz. Esto dio lugar a una "era genómica" de investigación y tratamiento del cáncer, dando un paso adelante en la medicina personalizada (terapia dirigida) al permitir la detección de mutaciones somáticas, mecanismos de resistencia, cuantificación de la carga mutacional y mutaciones de la línea germinal, sentando las bases de un nuevo enfoque en la atención del cáncer2 . Los pacientes con cáncer avanzado que reciben un tratamiento compatible con sus mutaciones tumorales específicas muestran una mejor tasa de respuesta general y mayor tiempo de sobrevida, en comparación con los que reciben terapia genérica3.
Independientemente de estas ventajas, las aplicaciones y el análisis de NGS siguen siendo un desafío, cuestionándose varios parámetros como el costo (instrumental, preparación de la muestra, procesamiento), la formación del profesional, la frecuencia porcentual de errores de secuenciación y, principalmente, la eficiencia en el tiempo de respuesta, es decir, desde que se obtiene la muestra hasta la emisión del resultado. Para el tratamiento y diagnóstico inmediato de los pacientes en relación con el tipo de tumor es muy importante determinar los marcadores moleculares o el estado mutacional en un tiempo corto, con alta sensibilidad, y mediante un método económicamente aceptable. Por ejemplo, en el caso de pacientes diagnosticados con cáncer de pulmón de células no pequeñas (NSCLC), resulta esencial realizar un análisis del gen EGFR para tomar decisiones sobre el inicio rápido de una terapia de primera línea. Si estos datos pudieran proporcionarse al médico en un día, el resultado del tratamiento del paciente cambiaría drásticamente con respecto al tiempo 4 .
La misión de la compañía Biocartis (Bélgica) es habilitar el acceso universal a la medicina personalizada para todos los pacientes con cáncer en estadios avanzados alrededor del mundo, mediante la realización de testeos moleculares convenientes, rápidos y aptos para cualquier tipo de laboratorio. En particular, se han abocado al desarrollo de pruebas para biomarcadores de relevancia clínica para los que existe una terapia dirigida.
Bajo esta premisa desarrollaron el sistema Idylla™, que consta de 3 elementos:
El sistema ocupa poco espacio, es fácil de usar, y elimina la necesidad de tener un laboratorio de biología molecular con las áreas pre y post PCR separadas.
Un estudio publicado en 2023 por Finall et al, realizado en Reino Unido, en el que se evaluó la integración de Idylla™ con NGS para el marcador EGFR, encontró que el 6% de los pacientes estudiados (96) fallecieron antes de que el reporte de resultados de NGS estuviera listo. El 18% de los pacientes experimentaron deterioro clínico rápido, y algunos de ellos poseían una variante de EGFR que podría haber sido tratada con terapia dirigida, si el informe hubiera estado disponible4.
En este sentido, analizaron el tiempo desde la solicitud del análisis hasta el resultado, encontrándose una media de 23,3 días para NGS, contra tan solo 3,8 días para Idylla™. Esto tiene un gran impacto en la toma de decisiones clínicas, especialmente para los pacientes con enfermedad en etapa avanzada.
Además, hallaron un 96,4% de concordancia entre NGS e Idylla™, y que un 82% de las muestras no aptas para el procesamiento mediante NGS fueron correctamente procesadas por el sistema Idylla™, debido a que la cantidad de muestra requerida es mucho menor en el caso de este último. Estos datos están en concordancia con gran cantidad de trabajos publicados que han validado el desempeño y utilidad clínica del sistema, no solo para el caso de EGFR, sino para el resto de los marcadores y tipos de cáncer que el sistema permite evaluar1,4–18.
La integración del diagnóstico molecular en los laboratorios de histopatología también ofrece la oportunidad de optimizar la preservación preanalítica del tejido para maximizar la calidad de los resultados del análisis mutacional, y, al mismo tiempo, maximizar el uso de muestras de tejido limitadas. Idylla™, además, minimiza el tiempo de la etapa preanalítica, sin requerir una estructura edilicia especial ni la acumulación de muestras para mantener la viabilidad económica. Una combinación de los hallazgos genómicos de tumores sólidos con los datos fenotípicos de patología celular es esencial para una interpretación clínica significativa y segura por parte de los patólogos y oncólogos4.
Y, fundamentalmente, la reducción drástica en el tiempo de procesamiento de muestras mediante el sistema Idylla™ de Biocartis representa un avance crucial en la atención médica de pacientes con cáncer en etapas avanzadas que no debe subestimarse, ya que puede tener un impacto muy significativo sobre las personas en situación crítica.
Como lo demuestra la bibliografía, el tiempo es un recurso invaluable en el tratamiento del cáncer avanzado, y la disponibilidad rápida de información molecular precisa a través de Idylla™ tiene el potencial de cambiar el curso de la enfermedad para aquellos pacientes que enfrentan una ventana de tiempo estrecha. Este tipo de tecnologías representa un hito significativo en la evolución de la medicina personalizada y subraya la importancia de seguir desarrollando y adoptando tecnologías simples, accesibles e innovadoras en la lucha contra el cáncer.
En la página web de Biocartis, podés encontrar un webinar en el que la Dra. Alison Finall expone los resultados de su trabajo.
1. Boppudi, S. M., Scheil-Bertram, S., Faust, E., Annamneedi, A. & Fisseler-Eckhoff, A. Assessing and Evaluating the Scope and Constraints of Idylla Molecular Assays by Using Different Source Materials in Routine Diagnostic Settings. Int J Mol Sci 23, (2022).
2. Ruiz-Garcia, E. & Astudillo-De La Vega Editors, H. Advances in Experimental Medicine and Biology 1168. http://www.springer.com/series/5584.
3. Morash, M., Mitchell, H., Beltran, H., Elemento, O. & Pathak, J. The role of next-generation sequencing in precision medicine: A review of outcomes in oncology. J Pers Med 8, (2018).
4. Finall, A. et al. Integration of rapid PCR testing as an adjunct to NGS in diagnostic pathology services within the UK: evidence from a case series of non-squamous, non-small cell lung cancer (NSCLC) patients with follow-up. J Clin Pathol 76, 391–399 (2023).
5. Buglioni, A., Caffes, P. L., Hessler, M. G., Mansfield, A. S. & Lo, Y. C. Clinical Utility Validation of an Automated Ultrarapid Gene Fusion Assay for NSCLC. JTO Clin Res Rep 3, (2022).
6. Gilson, P. et al. Validation of the Idylla GeneFusion assay to detect fusions and MET exon-skipping in non-small cell lung cancers. Sci Rep 13, 12909 (2023).
7. Al-Turkmani, M. R., Godwin, K. N., Peterson, J. D. & Tsongalis, G. J. Rapid Somatic Mutation Testing in Colorectal Cancer by Use of a Fully Automated System and Single-Use Cartridge: A Comparison with Next-Generation Sequencing. J Appl Lab Med 3, 178–184 (2018).
8. Al-Turkmani, M. R. et al. Rapid EGFR mutation testing in lung cancer tissue samples using a fully automated system and single-use cartridge. Pract Lab Med 20, (2020).
9. Barel, F. et al. Evaluation of a Rapid, Fully Automated Platform for Detection of BRAF and NRAS Mutations in Melanoma. Acta Dermato Venereologica 98, 44–49 (2018).
10. Behnke, A. et al. FACILITATE: A real-world, multicenter, prospective study investigating the utility of a rapid, fully automated real-time PCR assay versus local reference methods for detecting epidermal growth factor receptor variants in NSCLC. Pathology and Oncology Research 29, (2023).
11. Bisschop, C. et al. Rapid BRAF mutation tests in patients with advanced melanoma: Comparison of immunohistochemistry, Droplet Digital PCR, and the Idylla Mutation Platform. Melanoma Res 28, 96–104 (2018).
12. Colling, R., Wang, L. M. & Soilleux, E. Automated PCR detection of BRAF mutations in colorectal adenocarcinoma: a diagnostic test accuracy study. J Clin Pathol 69, 398–402 (2016).
13. De Luca, C. et al. Idylla assay and next generation sequencing: an integrated EGFR mutational testing algorithm. J Clin Pathol 71, 745–750 (2018).
14. Thomas De Montpréville, V. et al. EGFR and KRAS molecular genotyping for pulmonary carcinomas: Feasibility of a simple and rapid technique implementable in any department of pathology. Pathol Res Pract 213, 793–798 (2017).
15. De Craene, B. et al. Detection of microsatellite instability (MSI) in colorectal cancer samples with a novel set of highly sensitive markers by means of the Idylla MSI Test prototype. Journal of Clinical Oncology 36, e15639–e15639 (2018).
16. Franczak, C. et al. Integrated routine workflow using next-generation sequencing and a fully-automated platform for the detection of KRAS, NRAS and BRAF mutations in formalin-fixed paraffin embedded samples with poor DNA quality in patients with colorectal carcinoma. PLoS One 14, (2019).
17. Melchior, L. et al. Multi-center evaluation of the novel fully-automated PCR-based IdyllaTM BRAF Mutation Test on formalin-fixed paraffin-embedded tissue of malignant melanoma. Exp Mol Pathol 99, 485–491 (2015).
18. Pécriaux, A. et al. Detection of microsatellite instability in a panel of solid tumours with the Idylla MSI Test using extracted DNA. J Clin Pathol 74, 36–42 (2021).
